立教各校の源流は、1874（明治7）年2月3日、米国聖公会のウィリアムズ主教によって始められた私塾に求められます。この学校は、築地居留地界隈で産声を上げ、5名とも8名とも伝えられるごく少数の生徒でスタートしました。当初は、英語や聖書の授業を中心とし、生徒の多くは寄宿生でした。

その後、二度にわたる大火事によって、数度の移転や一時閉鎖を余儀なくされましたが、1883（明治16）年には、ガーディナー校長のもと、築地居留地37番に本格的なレンガ校舎を完成させ、アメリカのカレッジを模した「立教大学校」と称するようになりました。しかし、これまで追い風となっていた欧化主義に代わって国粋主義が台頭するようになると、外国的な学校のあり方への不満の声も強くなり、1890（明治23）年には、再び「立教学校」へと改称し、日本の実状に沿うような改革が行われました。

1894（明治27）年、東京地方を中心とする大地震によって校舎が崩壊したため、「六角塔」と呼ばれる新校舎と寄宿舎を建設し、現在の聖路加国際大学がある一角に移転をしました。1896（明治29）年には、学校制度が整い進学ルートが確立されていく状況に合わせ、「立教専修学校」と「立教尋常中学校」に改組され、2年後には、中学校が中学校令による認可を受け、生徒数もこれまで以上に増加していきました。

1899（明治32）年、認可校での宗教教育や儀式を禁止する「文部省訓令第12号」が出され、ミッションスクールに衝撃を与えることになりますが、立教は、ウィリアムズの後任であるマキム主教とロイド校長のもと、専修学校と中学校、「東京英語専修学校」（1897年、神田錦町に開設）、寄宿舎を「立教学院」の名で登録し、認可校である中学校以外でのキリスト教教育を維持することで対処しました。これによって、中学校の校勢は順調に伸びていくことになりますが、学校制度に位置づかない専修学校は振るわず、また英語専修学校も1903（明治36）年には閉鎖されました。